Nachádzajú sa v nivách riek a potokov, vo vodou podmáčaných alebo zaplavených zníženinách medzi dunami a na rašeliniskách.

Lužné lesy a lúky

Mokré prostredie Záhoria pokrývajú vŕbovo-topoľové a jaseňovo-brestové lužné lesy a v zníženinách medzi dunami jelšiny. Pôvodne tvorili lužné lesy popri rieke Morave, Myjave a Rudave a dokonca aj pri niektorých menších tokoch, široké pásy nepreniknuteľných lesov.

V pôvodných lesoch (a v zlomkoch i v súčasných) prevládali rôzne druhy vŕb, topoľ biely, brest väzový a brest hrabolistý. Častá bola jelša lepkavá s podrastovými kríkmi ako baza čierna, lieska obyčajná a krušina jelšová.

Časté tu sú mohutné liany chmeľu obyčajného a  plamienka plotného, ktoré vytvárajú v lesoch husté „závesy“. V minulom storočí sa začali miešať s nebezpečným ježatcom laločnatým, schopným veľmi rýchlo sa šíriť a vytlačiť pôvodné rastliny.

Od 14. storočia nastalo intenzívnejšie osídlovanie územia Záhoria. Obyvatelia potrebovali pôdu pre polia a keďže na miestach s lužnými lesmi sa nachádzali na tento účel najvhodnejšie pôdy, začali s ich klčovaním a pôdu rozorávali. Odvtedy lužné lesy ustupovali.

Klčoviská slúžili ako orné pôdy alebo pravidelne kosené lúky. Takto vzniknuté lúky boli bohaté na vzácne rastliny, ktoré však v dôsledku odvodňovania a rozorávania lúk začali v 20. storočí miznúť.

Na lúkach s bezkolencom belasým, ako základným trávnym druhom sa  striedavo vyskytovali vzácne rastliny ako klinček pyšný, horec pľúcny, bielokvet močiarny, plamienok celistvolistý, túžobník brestový, kosatec sibírsky, viaceré druhy vzácnych vstavačov, hadovník väčší, mäsožravá rosička okrúhlolistá, tučnica obyčajná a viaceré druhy tráv, ako timotejka tuhá,  psiarka lúčna, tomka voňavá a rôzne druhy ostríc.

Na zvyškoch lúk sa ako veľmi vzácne zachovali žltohlav európsky a páperec alpinský. Pozostatky takýchto kvetov možno nájsť aj na neobrábaných miestach, v rôznych priekopách a terénnych priehlbinách. Zatiaľ tu nachádzajú dostatok vlahy sú čiastočne chránené pred nepriaznivými zásahmi človeka.

Slatiny

V zníženinách medzi dunami sa nachádzajú vodou podmáčané pôdy, ktoré sú často hlboké viac ako meter. Na povrchu nezriedka stojí voda.

Vyskytujú sa tu slatinné jelšiny s bohatým krovitým a bylinným podrastom. Prevládajúcim stromom je jelša lepkavá. Z krov býva najčastejšia krušina jelšová a kalina obyčajná.

Na suchších miestach je roztrúsená lieska obyčajná. Súvislé porasty bazy čiernej nájdeme na miestach silno ovplyvňovaných ľudskou činnosťou. V slatinných jelšinách možno nájsť aj chmeľ obyčajný.

Nádherné krajinné scenérie vytvárajú  paprade, ako papraď samčia, hrebenatá a rozložená, ďalej vzácna rebrovka rôznolistá a papradník močiarny. Ďalej tu možno objaviť berlu vzpriamenú, ľuľok sladkohorký, vachtu trojlistú, čerkáč obyčajný a peniažtekový, kosatec žltý, konopáč obyčajný, hviezdoš močiarny, vzácny pupkovník obyčajný, nátržnicu močiarnu, diablik močiarny a mnohé ďalšie, vzácne a chránené druhy rastlín.

Takýchto miest sa dodnes dobre zachovalo len málo a to vďaka tomu, že sú prírodnými rezerváciami (Bezedné, Červený rybník a Zelienka).