Jež obyčajný – Takmer na každom pasienku, na okraji lesov a často aj v záhradách, nájdeme ježa obyčajného. V súčasnosti často hynie pod kolesami áut pri prechodoch cez cesty alebo pri vyhrievaní sa na slnkom zohriatom asfalte.
Krt obyčajný a dulovnica väčšia – Krt obyčajný je zatiaľ bežným obyvateľom pasienkov, sadov a záhrad. Pri hľadaní potravy často poškodzuje poľnohospodárske plodiny. Menšia a vzácnejšia je dulovnica väčšia, ktorá žije pri lesných potokoch. Častejšie sa vyskytuje v podhorskej časti Záhorskej nížiny.
Netopiere – Netopierov sa na Záhorskej nížine vyskytuje viacero druhov, ich počty sa však znižujú. Medzi vzácnejších zástupcov patrí podkovár veľký, nájdený aj v samotných Malackách. Častejšie sa vyskytuje podkovár malý. Početným záhorským netopierom je netopier brvitý. V jaskyni pri Plaveckom Mikuláši bol nájdený vzácny netopier riasnatý a netopier veľkouchý. Najčastejším netopierom na Záhorí je netopier obyčajný. Na povalách kostolov a schodištiach veží sa občas vyskytne netopier ostrouchý. Ďalším častým zástupcom netopierov je večernica tmavá a večernica malá, nachádzajúca sa na povalách starých opustených domov. V bútľavých stromoch v parkoch a sadoch žije raniak hrdzavý. V jaskyniach pri Plaveckom Mikuláši a na Vápennej bol nájdený lietavec sťahovavý.
Hlodavce
Zajac poľný a králik divý – Kedysi boli zajace veľmi rozšírený na poliach no v súčasnosti následkom straty úkrytov pri rozorávaní medzí, likvidácii vetrolamov, poprašovaním umelými hnojivami, insekticídmi a herbicídmi ich stav znepokojivo klesol. Ešte horší je v súčasnosti stav králika divého. V roku 1900 zastrelili na Záhorskej nížine 10 052 králikov. Dnes v teréne králika nevyplašíme.
Veverica obyčajná – Milým hlodavcom je veverica obyčajná, žijúca v lesoch, parkoch i sadoch. V zime často prichádza aj k osamelým ľudským sídlam.
Syseľ a plch – Na okraji pasienkov a polí žije syseľ obyčajný. V bučinách a dubinách Malých Karpát žije plch obyčajný, ktorý občas zachádza do parkov a na jeseň do sadov.
Myš – V stodoliach, stohoch slamy, obilných silách a maštaliach je takmer všade prítomná myš domová. V zime sa sťahuje do obydlí. Na vlhkých stanovištiach, pri potokoch a kanáloch, v porastoch trste a pálky žije myš drobná.
Ryšavka – V sadoch, parkoch a na okraji lesov žijú ryšavky. Z nich sú na Záhorskej nížine zastúpené ryšavka žltohrdlá, ryšavka obyčajná a ryšavka myšovitá.
Ondatra pižmová – Pri potokoch, kanáloch a na brehoch mŕtvych ramien Moravy, rybníkoch a iných stojatých vôd je ešte dodnes zastúpená ondatra pižmová, dovezená v rokoch 1905 a 1906 z Ameriky a nasadená v južných Čechách. Odtiaľ sa rozšírila aj na územie Slovenska.
Bobor vodný – V blízkosti vodných plôch je vzácnosťou je zazrieť bobra vodného. Častejšie však môžeme objaviť bobrom ohlodaný kmeň stromu alebo postavenú hrádzu, ktorý svedčí o jeho prítomnosti.
Ostatné hlodavce
Zásluhou množstva odpadkov pri ľudských sídlach sa hojne rozšíril potkan obyčajný. Častým obyvateľom vlhkých miest pri tečúcich alebo stojatých vodách je krysa vodná. Na poliach objavíme pomerne často hraboša poľného, ktorý v rokoch nadmerného rozmnoženia spôsobuje škody na obilí. Kedysi na pasienkoch, v blízkosti obilných polí, býval hojný chrček roľný. V súčasnosti je už na nížine vzácny. V borovicových lesoch nížiny nájdeme častejšie hrdziaka hôrneho.
Mäsožravce
Častým obyvateľom záhorských lesov je líška obyčajná. Rada sa zdržuje pri bažantniciach, kde ničí bažantiu násadu. Najmä v zimných mesiacoch, keď napadne viac snehu, sa približuje aj k ľudským sídlam. Z borovicových lesov je známa kuna hôrna. Pri ľudských sídlach, v rozvalinách starých domov a na ich povalách žije kuna skalná. Na okraji suchých lesov, na pasienkoch a tiež pri ľudských sídlach žije lasica obyčajná. V dutých stromoch, v lesoch pri vode, žije vzácnejší hranostaj obyčajný. Z tchorov sa na území Záhorskej nížiny nachádza tchor obyčajný a tchor stepný. Vydru riečnu, žijúcu v minulosti vo vodách Záhoria tu už dnes nenájdeme. V boroch žije vzácny jazvec obyčajný.
Kopytníky
Vysoká zver – Daniel škvrnitý, je obyvateľom malokarpatských lesov a občas zabehne aj do nížiny. Jeleň obyčajný žije v Bore v dvoch plemenách. Karpatský dorastá až do hmotnosti 300 kg a európsky dorastá maximálne do hmotnosti 200 kg. Častejší ako jeleň je srnec hôrny. Jelene i srnce sú významnými lovnými živočíchmi. Zriedkavo zablúdi do lesov Záhorskej nížiny los mokraďový z poľského alebo nemeckého Pobaltia. Tur domáci sa chová vo viacerých plemenách, dnes už takmer výlučne na mlieko a ako jatočný dobytok na mäso. V minulosti bol často používaný aj ako ťažný dobytok.
Muflón – Muflón obyčajný bol vysadený v Malých Karpatoch v sedemdesiatych rokoch minulého storočia. V rokoch s tuhou zimou a vysokým snehom zachádza až do nížiny.
Sviňa – V lesoch na Záhorí sa aj dnes hojne vyskytuje vyskytuje sviňa divá. Za potravou vychádza hlavne v noci na zemiakové a kukuričné polia, kde robí značné škody nielen zožieraním plodín, ale aj udupávaním a rozrývaním pôdy. V malochove pri gazdovstvách a vo veľkovýkrmniach je chovaná sviňa domáca. Je krížencom dvoch európskych rás svine divej.
Koza domáca – Koza domáca sa dnes chová zriedkavo na dedinách, samotách, hájovniach a podobne. Ešte pred druhou svetovou vojnou sa pásli stáda kôz priamo v Malackách na dobytčích trhoch, ihriskách, pri priekopách a na iných voľných miestach zarastených trávou.
Ovca domáca – Ovcu domácu dnes chovajú na nížine len v málopočetných stádach na samotách. Býval to však bežne chovaný dobytok aj vo veľkých čriedach. Z roku 1743 pochádza písomný záznam, podľa ktorého v jedenástich obciach Záhorskej nížiny chovali 9700 oviec. Možno predpokladať, že ich vtedy bolo na celej nížine prinajmenej dvakrát toľko. Udávaný počet je len z obcí patriacich cisárskemu majetku, kde viedli presné evidencie.
Kôň domáci – Kôň domáci bol na Záhorí ešte začiatkom päťdesiatych rokov dvadsiateho storočia oveľa rozšírenejším živočíchom ako dnes.