Mloky
So salamandrou škvrnitou sa môžeme stretnúť iba na upätí Malých Karpát. Živí sa hlavne hmyzom, ktorý príde do jej blízkosti. Z nížinných vôd sú z tejto skupiny živočíchov spomínané mlok veľký, žijúci v hlbších vodách, a mlok obyčajný, vyhľadávajúci zase plytké vody v nezalesnenej časti nížiny.
Žaby
Zo žiab žije v Záhorskej nížine pomerne málo druhov. Nie veľmi hojná je kunka obyčajná. Dnes vzácna, ale viac asi len prehliadaná je hrabavka škvrnitá, pretože je aktívna iba v noci. Z ropúch sú tu známe ropucha obyčajná a ropucha zelená. Ropucha obyčajná je hojná v lesoch, záhradách, na poliach a lúkach a často aj v staveniskách, pod uvoľnenými tehlami a podobne.
V starých domoch v Malackách bola prítomná takmer vo všetkých pivniciach, ktoré bývali na jar zaplavované podzemnou vodou. Menej, ale tiež dosť často zastúpená ropucha zelená dáva prednosť otvoreným, nezalesneným plochám v teréne s vodou.
Na brehoch jazier, v trsťových alebo pálkových porastoch nájdeme dodnes dosť často rosničku zelenú. V povodí rieky Moravy, Myjavy a Rudavy, na mokrých lúkach s trvalými jazierkami alebo tôňkami bývala oveľa hojnejšia.
Zo skokanov sú známe skokan rapotavý, skokan zelený a skokan ostropyský. Skokan rapotavý žije v pomaly tečúcich, teplých vodách kanálov, v rybníkoch a hlbších mlákach spolu so skokanom zeleným. Skokan ostropyský obýva rašeliniská a močiare v lesoch i v bezlesnom území.
