Okolie Malaciek bolo osídlené už veľmi dávno. Po vzniku Uhorska sa Záhorie stalo ochranným pohraničným územím, tzv. konfíniom. Toto bolo vo vlastníctve uhorského panovníka a osídlenie bolo riedke. Zmena nastala až v 13. storočí, keď kráľ Ondrej II. daroval osady na našom území, ktoré sa vytvorili popri obchodných cestách, šľachticom. Malacky sa prvýkrát spomínajú v listine tohto panovníka z roku 1206, ktorou daroval územie okolo dnešného Plaveckého Štvrtka šľachticom zo Sv. Jura a Pezinka (z rodu Hont-Pazmány). Malacky sú v tejto listine označené ako “miesto Maliscapotoca”. V listine z roku 1231 sa Malacky vyskytujú ako „zem menom Maluchka“. Nie je úplne zrejmé, či v tom čase Malacky boli osídlenou obcou, alebo len pomenovaním určitého miesta.

V listine kráľa Ľudovíta I. z roku 1373 sa uvádza názov Malaczka, ktorý sa používal až do konca uhorského obdobia. V 14. storočí boli Malacky už osídlené a mali aj vlastného richtára. Zatiaľ neboli samostatnou farnosťou, ale len filiálkou susedného Kostolišťa. V polovici 16. storočia prevzal plavecké panstvo a spolu s ním aj Malacky Gašpar Serédy. Obec vtedy patrila medzi najväčšie sídla na okolí. Po smrti Serédyho v roku 1550 sa stal nakrátko zemepánom Eyck zo Salmu a potom na viac ako dvadsať rokov rod Fuggerovcov.

V poslednej štvrtine 16. storočia sa vlastníkmi panstva stali šľachtici z rodu Balašovcov. Štefan Balaša vymohol pre Malacky od kráľa v roku 1573 právo troch výročných trhov. Malacky boli zemepanským mestečkom, používalo sa označenie „oppidum Malaczka“. Mesto sa stalo samostatnejším. Balašovci mali v Malackách lovecký zámok, postavený na mieste niekdajšieho vodného hradu. Tento zámok bol podľa prameňov nádherný, múrom do štvorca obohnaný a v rohoch mal po jednej bašte. Zámok bol neskôr premenený na kláštor, bašty sa zachovali dodnes. V tomto období sa dotvorila podoba farského kostola, ktorého svätyňa je zrejme staršia. Veža pribudla o storočie neskôr. Na konci 16. storočia vznikla v Malackách prvá známa škola.

 

Gróf Pavol IV. Pálffy prevzal panstvo po smrti Petra Balašu v roku 1621. Centrom bol spočiatku Plavecký hrad, zakrátko sa sídlom panstva stali Malacky. Pavol IV. bol uhorským palatínom, tajným radcom a komorníkom uhorského panovníka Ferdinanda III. Habsburského.

Z Plaveckého panstva a z ďalších dvoch panstiev, ktoré získal do vlastníctva, vytvoril jeden celok, tzv. fideikomis. Tento zdedil vždy najstarší mužský potomok rodu. V Malackách sa potom v roku 1735 vytvorila aj ústredná správa celého fideikomisu.

Pálffyovci sa v uvedenom období postarali o rekatolizáciu svojho panstva, ktoré bolo v balašovskom období v duchu zásady “čie panstvo, toho náboženstvo” evanjelické. Povolali sem členov františkánskej rehole a pripravili pre nich kláštor s kostolom. Výrazne tak ovplyvnili ďalšie smerovanie Malaciek na nasledujúce storočia.

Malacky boli zemepanským mestečkom a hoci mali vlastnú samosprávu, dominantnú úlohu v rozvoji mesta mali Pálffyovci. Rovnako súdna moc patrila zemepanskej vrchnosti. Všetky hospodárske, politické a ďalšie aktivity boli podriadené záujmom Pálffyovcov.

Ďalším významným zemepánom bol Mikuláš V. Pálffy, ktorý žil na prelome 17. a 18. storočia. Tento protiturecký bojovník bol neskôr uhorským palatínom a zaslúžil sa o prijatie Pragmatickej sankcie. Vo františkánskom kostole bol za jeho éry vytvorený hlavný oltár a organ. V kostole sa nachádza jeho epitaf. V Malackách pôsobila v tom období jedna z prvých manufaktúr na slovenskom území.

Karol IV. Pálffy žil o storočie neskôr, bol bratislavským županom, veľmajstrom slobodomurárskej lóže Uhorska a v roku 1807 získal pre seba a svojich nástupcov (vždy len pre prvorodeného mužského potomka) kniežací titul.

V roku 1806 získali Malacky právo mýta, o rok neskôr bolo rozšírené trhové a jarmočné právo pre Malacky. Vzťahy medzi zemepánom a poddanými neboli vždy dobré. Svedčia o tom nepokoje poddaných v rokoch 1818 až 1820, ktoré potláčalo vojsko. V roku 1848 bolo zrušené poddanstvo a výsady šľachty, no vplyv Pálffyovcov bol stále veľký.

Posledným malackým zemepánom bol Mikuláš XIII. Pálffy. Počas jeho éry sa rozširovali vymoženosti tých čias – telefón a telegraf, koncom 19. storočia prechádzala cez Malacky železničná trať.

V polovici 19. storočia vznikol slúžnovský okres Malacky. Patrilo k nemu 41 obcí, neskôr po úpravách zostalo 29 obcí. Malacky boli hospodárskym i správnym centrom južného Záhoria. Boli tu zriadené inštitúcie a orgány potrebné pre chod okresu.