Okolie Malaciek bolo osídlené už veľmi dávno. Po vzniku Uhorska sa Záhorie stalo ochranným pohraničným územím, tzv. konfíniom. Toto bolo vo vlastníctve uhorského panovníka a osídlenie bolo riedke. Zmena nastala až v 13. storočí, keď kráľ Ondrej II. daroval osady na našom území, ktoré sa vytvorili popri obchodných cestách, šľachticom. Malacky sa prvýkrát spomínajú v listine tohto panovníka z roku 1206, ktorou daroval územie okolo dnešného Plaveckého Štvrtka šľachticom zo Sv. Jura a Pezinka (z rodu Hont-Pazmány). Malacky sú v tejto listine označené ako “miesto Maliscapotoca”. V listine z roku 1231 sa Malacky vyskytujú ako „zem menom Maluchka“. Nie je úplne zrejmé, či v tom čase Malacky boli osídlenou obcou, alebo len pomenovaním určitého miesta.
V listine kráľa Ľudovíta I. z roku 1373 sa uvádza názov Malaczka, ktorý sa používal až do konca uhorského obdobia. V 14. storočí boli Malacky už osídlené a mali aj vlastného richtára. Zatiaľ neboli samostatnou farnosťou, ale len filiálkou susedného Kostolišťa. V polovici 16. storočia prevzal plavecké panstvo a spolu s ním aj Malacky Gašpar Serédy. Obec vtedy patrila medzi najväčšie sídla na okolí. Po smrti Serédyho v roku 1550 sa stal nakrátko zemepánom Eyck zo Salmu a potom na viac ako dvadsať rokov rod Fuggerovcov.
V poslednej štvrtine 16. storočia sa vlastníkmi panstva stali šľachtici z rodu Balassovcov. Štefan Balassa vymohol pre Malacky od kráľa v roku 1573 právo troch výročných trhov. Malacky boli zemepanským mestečkom, používalo sa označenie „oppidum Malaczka“. Mesto sa stalo samostatnejším. Balassovci mali v Malackách lovecký zámok, postavený na mieste niekdajšieho vodného hradu. Tento zámok bol podľa prameňov nádherný, múrom do štvorca obohnaný a v rohoch mal po jednej bašte. Zámok bol neskôr premenený na kláštor, bašty sa zachovali dodnes. V tomto období sa dotvorila podoba farského kostola, ktorého svätyňa je zrejme staršia. Veža pribudla o storočie neskôr. Na konci 16. storočia vznikla v Malackách prvá známa škola.
Gróf Pavol IV. Pálffy získal Plavecké panstvo po smrti Petra Balassu (1621). V roku 1622 do zálohu, o dvanásť rokov neskôr sa stal vlastníkom. Centrom panstva bol spočiatku Plavecký hrad, neskôr sa sídlom panstva stali Malacky (preto sa niekedy neoficiálne označovalo ako malacké panstvo). Pavol IV. bol uhorským palatínom, tajným radcom a komorníkom uhorského panovníka Ferdinanda III. Habsburského.
Z Plaveckého panstva a z ďalších dvoch panstiev, ktoré získal do vlastníctva, vytvoril jeden celok, tzv. fideikomis. Tento zdedil vždy najstarší mužský potomok rodu. V Malackách sa potom v roku 1735 vytvorila aj ústredná správa celého fideikomisu.
Pálffyovci sa v uvedenom období postarali o rekatolizáciu svojho panstva, ktoré bolo v balassovskom období v duchu zásady “čie panstvo, toho náboženstvo” evanjelické. Povolali sem členov františkánskej rehole a pripravili pre nich kláštor s kostolom. Výrazne tak ovplyvnili ďalšie smerovanie Malaciek na nasledujúce storočia.
Malacky boli zemepanským mestečkom a hoci mali vlastnú samosprávu, dominantnú úlohu v rozvoji mesta mali Pálffyovci. Rovnako súdna moc patrila zemepanskej vrchnosti. Všetky hospodárske, politické a ďalšie aktivity boli podriadené záujmom Pálffyovcov.
Ďalším významným zemepánom bol Mikuláš V. Pálffy, ktorý žil na prelome 17. a 18. storočia. Tento protiturecký bojovník bol neskôr uhorským palatínom a zaslúžil sa o prijatie Pragmatickej sankcie. Vo františkánskom kostole bol za jeho éry vytvorený hlavný oltár a organ. V kostole sa nachádza jeho epitaf. V Malackách pôsobila v tom období jedna z prvých manufaktúr na slovenskom území.
Karol IV. Pálffy žil o storočie neskôr, bol bratislavským županom, veľmajstrom slobodomurárskej lóže Uhorska a v roku 1807 získal pre seba a svojich nástupcov (vždy len pre prvorodeného mužského potomka) kniežací titul.
V roku 1806 získali Malacky právo mýta, o rok neskôr bolo rozšírené trhové a jarmočné právo pre Malacky. Vzťahy medzi zemepánom a poddanými neboli vždy dobré. Svedčia o tom nepokoje poddaných v rokoch 1818 až 1820, ktoré potláčalo vojsko. V roku 1848 bolo zrušené poddanstvo a výsady šľachty, no vplyv Pálffyovcov bol stále veľký.
Posledným malackým zemepánom bol Mikuláš XIII. Pálffy. Počas jeho éry sa rozširovali vymoženosti tých čias – telefón a telegraf, koncom 19. storočia prechádzala cez Malacky železničná trať.
V polovici 19. storočia vznikol slúžnovský okres Malacky. Patrilo k nemu 41 obcí, neskôr po úpravách zostalo 29 obcí. Malacky boli hospodárskym i správnym centrom južného Záhoria. Boli tu zriadené inštitúcie a orgány potrebné pre chod okresu.
