Lesy

Väčšinu oblasti naviatych pieskov v súčasnosti pokrýva borovicový les. Na týchto miestach kedysi rástli borovicovo-dubové lesy. Vplyvom človeka však boli už v 17. storočí tak silno zničené, že majitelia museli začať s vysádzaním borovíc. Palatín Pavol IV. Pálffy so svojím synom Jánom Karolom okolo roku 1650 pozvali z Francúzska lesníkov, ktorí zaviedli vysádzanie borovíc podľa francúzskeho vzoru aj na Záhorí. Lesníci nechávali v borovicových porastoch len zdravé a silné jedince dubov na semeno. Niektoré z nich môžeme nájsť v borovicových lesoch dodnes.

Na naviatych pieskoch Záhoria je veľmi častým stromom agát. Agát biely bol do Európy privezený z Ameriky. Na Záhorí ho vysádzali vo väčšej miere až koncom 18. a začiatkom 19. storočia. Agát, ako veľmi vitálna drevina, sa rýchlo vymkol z rúk lesníkov a dostal sa mimo vysádzaných plôch. Zaujal všetky presvetlené miesta, ako sú okraje lesných ciest a chodníkov, rôzne čistinky v lese a staršie rúbaniská. Agátové drevo sa kedysi používalo na rôzne kolárske práce alebo na výrobu kolíkov (štekov) do vinohradov.

Ďalšie stromy: lipa, breza, lieska, hloh, agát, zob, čerešňa, na človekom silno ovplyvnených miestach baza.

Lesný podrast

V starších lesoch s vyššími kmeňmi borovíc, kde preniká cez koruny stromov viac svetla, môžeme nájsť materinu dúšku, jahodu obyčajnú, šalát trváci a dubolistý, štiavničku tenkolistú, starček obyčajný, smldník olšovníkovitý, chlpánik obyčajný, veroniku lekársku, pávinec horský a iné, menej časté rastliny. Na rúbaniskách rastie najmä smlz kroviskový a niektoré ostrice. Na najchudobnejších pôdach v borinách je častejší kríček vres obyčajný.

Stepi

Naviate piesky na Záhorí boli kedysi značne porastené stepnými rastlinami. Koncom päťdesiatych rokov 20. storočia ich začali rozorávať. Dnes z nich zostali len plôšky na okraji borovicových lesov, na miestach, ktoré nebolo možné poľnohospodársky ani inak využívať. Tu sa zachovali spoločenstvá kostravy dominovej a klinčeka neskorého, kyjanky sivej a materinej dúšky. Tieto sú v strednej Európe vzácnosťou, pretože plochy s im vyhovujúcimi podmienkami boli väčšinou premenené na poľnohospodárske alebo iné účitkové územia.

Stepné rastliny na Záhorí sa vedia dobre prispôsobiť extrémnym podmienkam. Súčasne pomáhajú upevnovať povrchové vrstvy pieskových dún. Vyskytujú sa tu väčšinou vzácne rastliny: slamiha piesočná, nátržník jarný, ostrica úzkolistá, mliečnik Seguierov, pávinec horský, tunika lomikameňovitá. Veľmi elegantnou trávou je ometlina sivá. Z tráv je ďalej veľmi rozšírená napríklad tomkovica voňavá, trávnička obyčajná podlhovastá, veronika Dillenova,  kolenec jarný a päťtyčinkový, gypsomilka zväzkovitá piesočná a poniklec lúčny černastý.