Na Záhorskej nížine bolo pôvodne veľa väčších i menších plôch s bohatým zastúpením vodných rastlín. Boli to predovšetkým rozsiahle mŕtve ramená riek Moravy, Myjavy a Rudavy, rybníky, poloprirodzené jazerá a menšie tône. Po regulácii riek a znečistení tokov najmä splaveninami umelých hnojív z okolitých polí, sa kvety z vodných plôch rýchlo vytratili.
Pôvodné, ešte neznečistené vody, boli často pokryté veľkými plochami lekna bieleho a belostného a leknice žltej. Dnes sú oba tieto druhy lekna vzácne a odolnejšia leknica zabrala ich miesto. Krásne porasty tvorila aj rezavka aloovitá, dnes zatlačená len na niekoľko málo lokalít. Podobný osud stihol kotvicu plávajúcu, ktorá kedysi hojne rástla aj na Rakárenských rybníkoch pri Malackách. Jej plody, čierne pichľavé „vodné orechy“, priplávali každoročne prúdom potoka Malina koncom leta až do mesta.
Na hladine mŕtvych ramien a tôní boli časté mäsožravé bublinatky, z ktorých dnes veľmi vzácne vidno už len bublinatku obyčajnú. V plytkých vodách boli hojne zastúpené červenavce. Z nich najbežnejší bol červenavec plávajúci a najkrajší červenavec kučeravý. Okrem nich tu bola snáď desiatka ďalších druhov.
V pomalšie tečúcich vodách kanálov, spájajúcich v súčasnosti bývalé mŕtve ramená, sa stretneme s vodomorom kanadským, ktorý sem však zavliekol človek a ktorý rýchlo zarastá kanály. Koncom leta pokrývajú veľkú plochu vodných nádrží, hlavne tôní, žaburinky, a to všetky tri naše druhy: žaburinka pľuzgierkatá, menšia a trojbrázdová. Pri brehoch jazier a pomaly tečúcich kanáloch nájdeme občas okrasu okolíkatú, šípovku vodnú, ježohlav vzpriamený, pálku úzkolistú a širokolistú a mnohé ďalšie.
Pokles hladiny podzemnej vody, spôsobený melioračnými prácami nepriaznivo ovplyvnil nielen pestované, ale aj pre divorastúce, najmä vodné rastlinstvo. Najväčším zlomom bolo vybudovanie zberného kanála rieky Moravy, ktorý spôsobil pokles hladiny mŕtvych ramien Moravy o viac ako meter. Nepriaznivo sa to odrazilo aj na priľahlých poľnohospodárskych pôdach.