Výskyt rýb vo vodách Záhorskej nížiny býval veľmi pestrý. Na ryby boli bohaté najmä rieky Morava, Myjava a Rudava a ich mŕtve ramená. S pravidelnými jarnými záplavami sa z hlavných tokov dostávalo do mŕtvych ramien množstvo rýb. Nachádzali tu dostatok potravy a mohli sa ďalej rozmnožovať aj napriek pomerne veľkému odchytu. Znečisťovanie vody v rieke Morave a odrezanie mŕtvych ramien od hlavného toku spôsobilo zníženie hladiny podzemnej vody v mŕtvych ramenách až o dva metre. Tak sa stalo, že mnohé ramená celkom zanikli. Toto všetko veľmi negatívne zasiahlo  pestrosť i množstvo rýb. Do ramien, ktoré  zostali, bol prílev nového živého materiálu z jarných záplav zastavený. Jazerá je dnes potrebné umelo zarybňovať, väčšinou už len pre športové rybárstvo.

Ryby mali na Záhorí od nepamäti veľký hospodársky význam. V obciach, ležiacich pri rieke Morave bývali rybárske rodiny. Muži v noci lovili ryby, ktoré ich ženy zavčas ráno nosili do miest na trhy alebo ich roznášali po domoch. Veľký hospodársky význam mali aj rybníky v Malackách, známe ako Rakárňa, Zabité, Marheček.

 

Kapor obyčajný

V mŕtvych ramenách, štrkových jamách a v rybníkoch je v súčasnosti azda najhojnejšou rybou kapor obyčajný. Vo vodách Záhorskej nížiny je nasádzaný pre hospodárske účely alebo  pre športové rybárstvo. V štrkových jazerách možno aj dnes uloviť desaťkilogramové exempláre.

 

Sumec obyčajný

Typickou rybou nížinných vôd je sumec obyčajný. Patrí medzi naše najväčšie ryby. Na trh do Malaciek sa kedysi bežne dostávali 5-6-kilogramové exempláre. Dnes je výskyt sumca zriedkavejší a ulovené kusy Zriedka dosahujú takú hmotnosť, ako pred reguláciou Moravy, keď mali dostatok potravy. Napriek tomu bol na Šutrovni pri Sekuliach v roku 2012 ulovený sumec s hmotnosťou 109kg.

 

Šťuka obyčajná

Veľký hospodársky význam má (a hlavne pred reguláciou Moravy mala) šťuka obyčajná. Nebývalo vzácnosťou vyloviť desaťkilogramový exemplár a vyskytli sa aj väčšie jedince. Dnes ich veľkosť a najmä množstvo podstatne klesli. Šťuka patrila na Záhorskej nížine vždy medzi hojné, lovné ryby. Do regulácie Moravy nosili na trhy do Malaciek a inde ženy z obcí pri rieke Morave bežne troj až päťkilogramové šťuky.

 

Úhor obyčajný

Ušľachtilou rybou, žijúcou v rieke Morave, je úhor obyčajný. Patril vždy medzi vzácnejšie druhy. V Malackách sa predávali ešte počas druhej svetovej vojny predávali 2 – 3 kilogramové kusy. V súčasnosti je zriedkavý.

 

Ostriež obyčajný

Častou rybou je však ostriež obyčajný. Žije prakticky vo všetkých vodách nížiny. Jeho obľúbeným stanovišťom bývali dolce pod mlynskými kolesami, kde nachádzal dostatok potravy.

 

Ostatné ryby

V kanáloch a v menších vodných nádržiach možno vidieť blatniaka obyčajného, neveľkú rybu, dorastajúcu do dĺžky 10 cm, bez praktického významu. Menší konzumný význam mala plotica obyčajná, dorastajúca maximálne do hmotnosti jedného kilogramu. Vzácnejšou rybou na nížine býval jalec obyčajný, ktorého vo vodách Záhorskej nížiny už nájdeme zriedkavo. Veľmi často predávanou rybou bol aj lieň obyčajný,  dosahujúci niekedy hmotnosť až 2 kg. V súčasnosti už je zriedkavejší. Medzi ryby hospodársky menej významné patrí podustva obyčajná, žijúca v tečúcich vodách. Ako podradnejšia ryba sa vždy predávala lacnejšie. Medzi malé ryby bez hospodárskeho a konzumného významu patrí hrúz obyčajný, žijúci skoro vo všetkých potokoch s piesčitým dnom. Malou, častou rybou v zátočinách riek a potokov je belička obyčajná, vzácne dorastajúca až do dĺžky 15 cm. Medzi drobné, hospodársky neatraktívne druhy patria býčko škvrnitý, žijúci v spleti koreňov jelší stojacich a pomaly tečúcich vôd, a hlaváč obyčajný, kedysi hojný vo všetkých potokoch.

Vo vodách Moravy  sa vyskytovali ojedinele aj morské ryby. Do stredného toku  prichádzala  z Čierneho mora i vyza obyčajná. Dnes tento druh sotva nájdeme.