Malacky vstúpili do 20. storočia ako centrum okresu a bývalého panstva. Mesto sa rozvíjalo po stránke hospodárskej, ťažisko tvoril drevársky priemysel, vzostup zaznamenalo liehovarníctvo a ďalšie odvetvia, rástol obchod. Väčšina domácich obyvateľov sa naďalej venovala poľnohospodárstvu a remeslám.
Ťažké časy nastali počas prvej svetovej vojny (1914-1918). Hoci boje sa mesta priamo nedotkli, napriek tomu vojna mesto poznačila. Obyvateľstvo pociťovalo nedostatok základných potravín, petroleja a ďalších surovín. Ľudia trpeli chorobami, zomierali na podvýživu. Rástlo napätie, nevraživosť bola zameraná najmä proti židovským obchodníkom a maďarským úradníkom.
Prevrat na konci vojny priniesol vznik Československa, ale aj zmenu z hľadiska patronátu nad mestom a z hľadiska sociálnej štruktúry obyvateľstva. Pálffyovci Malacky definitívne opustili, rovnako maďarskí úradníci. Dominantnou vrstvou sa stali vyšší pálffyovskí úradníci a česká inteligencia, výrazný vplyv mali františkáni. Toto obdobie predstavovalo pre mesto rozvoj. Pribúdali nové budovy, vrátane okresného úradu, meštianskej školy, elektrárne, sokolovne. Od roku 1927 v meste pôsobilo františkánske gymnázium, známe v celej republike. Počet obyvateľov stúpal, mesto sa rozvíjalo aj po hospodárskej stránke. Boli tu dva liehovary, mlyny, tehelne, píly a viacero tovární.
Druhá svetová vojna (1939-1945) priniesla ďalšie zmeny. Mesto bolo centrom ochrannej zóny Nemecka, sídlili tu nemeckí vojaci. Celý politický, kultúrny, športový život sa sústredil okolo Hlinkovej slovenskej ľudovej strany a okolo Hlinkovej gardy. V priebehu vojny bola takmer úplne zlikvidovaná židovská komunita, majetok jej členov bol arizovaný (prešiel do rúk vybraných Slovákov).
V apríli 1945 Malacky od fašizmu oslobodila sovietska Červená armáda. Mesto sa spamätávalo po prechode frontu, opravovali sa budovy a cesty. Nastala ďalšia výmena v politickom živote – čoraz väčší vplyv mali komunisti. Po februári 1948 nastolili totalitnú vládu. V duchu boja proti súkromnému vlastníctvu malo byť všetko spoločné. Znemožnili súkromné podnikanie, živnostníkom a vlastníkom väčších podnikov ich majetok zobrali. Roľníkom zobrali väčšinu hospodárskych zvierat a pozemkov, vytvorili z toho tzv. Jednotné roľnícke družstvo, resp. Štátne majetky. V Malackách začali realizovať svoje predstavy a plány vzorového socialistického mesta, nerešpektujúc prirodzený historický vývoj.
V priebehu niekoľkých desaťročí zbúrali väčšinu historických budov mesta, do centra mesta priviedli diaľničný privádzač, potok Malina uzatvorili do potrubia. Vytvorili sa nové sídliská, zostavené z panelových bytových domov, rovnakých, aké sa dali nájsť v celom vtedajšom Československu. Nová výstavba priniesla rýchly rast počtu obyvateľov, ktorí prišli zväčša z okolitých dedín. Bola zavedená kanalizácia, nové chodníky, cesty, služby. Na druhej strane to sa radikálne zmenil charakter mesta, jeho identita.
Pád komunistického režimu v roku 1989 priniesol politickú pluralitu, obnovilo sa súkromné podnikanie. Otvorili sa nové možnosti. V dobrom aj v zlom. Podarilo sa zastaviť plánované búranie zostávajúcich budov. Na druhej strane sa v priebehu niekoľkých rokov zbúrali hodnotné historické stavby, ktoré prežili obdobie socializmu. V Malackách sa prejavuje absencia reálneho územného plánu, striktné urbanistické a architektonické pravidlá.